Ren Amamiya, un nou elev transferat la Academia Shujin, e trimis să locuiască în Tokio la un prieten de familie, Sojiro Sakura, după ce i se acordase pe nedrept o perioadă de probă pentru că împiedicase o femeie de a fi abuzată sexual. În prima lui zi de școală, pe drum, Ren observă că o aplicație bizară i-a apărut în telefon, una care îl transferă într-o lume cunoscută drept Metavers și care conține „umbrele” oamenilor: ipostaze distorsionate ale adevăratelor lor sine. În Metavers, el își trezește Persona, o putere aflată înăuntrul său care-i oferă forța de a se lupta cu umbrele. Cu ajutorul unor elevi la fel de năpăstuiți, formează Hoții Fantomă ai Inimilor, încercând să scape oamenii de dorințele lor păcătoase „schimbându-le felul de a fi”, făcând răufăcătorii să-și regrete acțiunile și să devină persoane cinstite. Reputația grupului continuă să crească exploziv, aducându-le atenție și pozitivă, dar și negativă. Totuși, în vârful popularității, Ren e capturat și reținut. Acolo, se trezește interogat dur, dar apariția lui Sae Niijima, un procuror care caută răspunsuri, îi pune capăt chinului. Cum va reacționa ea la povestea sa și ce se va alege de Hoții Fantomă?